<< Lista proiectelor
Detalii Proiect - 1284
Nr Contract :
11056
Titlu proiectului :
Simulare de Celule cu Sisteme de Membrane
Acronimul proiectului :
 CellSim
Arie tematica :
I - Tehnologia Informatiei si Comunicatii
Rezumatul proiectului :
Proiectul are ca scop major extinderea si validarea experimentala a simularii de celule bazata pe sisteme de membrane. Aceasta noua tehnica de simulare este bazata pe rezultatele recente obtinute in Computabilitatea bazata pe membrane si va complementa metodele de simulare de celula folosite in acest moment. Aceste metode curente sunt bazate pe ecuatii diferentiale (ODE) sau procese stochastice (de pilda algoritmul descris de Gillespie). Metoda propusa de noi va fi semnificativ diferita de catre tehnicile de simulare bazate pe ODE si din cauza ca foloseste matematica discreta spre deosebire de matematica continua, cum este cazul pentru ODE. Acesta este un lucru pozitiv pentru ca s-a observat ca multe cascade de reactii (signal transduction pathways) la nivelul sub-celular au numere mici de multiplicitati pentru moleculele/proteinele sau complexele de proteine formate, asadar, o simulare discreta ar trebui sa dea rezultate mai bune si mai exacte.
Daca e sa consideram o comparatie cu simulari bazate pe sistemul de simulare Monte Carlo, de genul algoritmului lui Gillespie, tehnica noastra de simulare va fi superioara chiar daca amandoua tipurile de simulari (Gillespie si tehnica propusa bazata pe Sisteme Membrane) folosesc matematici discrete. Tehnica bazata pe Sisteme de Membrane va fi mult mai rapida decat algoritmul lui Gillespie, in special in cazurile in care consideram sute de specii moleculare in modelul simulat. Ca si argument pentru aceasta afirmatie putem da rezultatele preliminare publicate in acest sens recent (2007) in care obtinem timpi de simulare in jur de 60 de ori mai mici decat timpii necesari pentru simularea acelorlasi reguli si conditii initiale. Obtinem de asemenea un beneficiu suplimentar prin faptul ca simularea poate reprezenta cellule individuale, si nu doar simularea majoritatii dintr-o populatie de celule (ci chiar si minoritati). Acest lucru poate fi interesant, de exemplu simularea latentei in celulele infectate cu HIV.
Durata proiectului(in luni) :
34
Data inceperii :
18/09/2007
Data finalizarii :
18/07/2010
Valoarea totala a proiectului :
2000000
Valoarea finantarii de la bugetul de stat :
2000000
Directorul de proiect :
Dr. Paun Andrei
Adresa e-mail a directorului de proiect :
andreipaun@gmail.com
Institutia coordonatoare :
INSTITUTUL NATIONAL CERCETARE DEZVOLTARE PENTRU STIINTE BIOLOGICE
Parteneri (denumire institutie) :
1.INSTITUTUL DE MATEMATICA SIMION STOILOW AL ACADEMIEI ROMANE
2.Universitatea din Bucuresti
Pagina web a proiectului :
http://89.34.23.11/



(c) 2007 cnmp